Un secreto en la caja de Javier Izquierdo inicia con una inquietud: conocer qué sucedió con el escritor ecuatoriano Marcelo Chiriboga, figura mítica del boom latinoamericano, quien desapareció de la historia de la literatura de la región debido a su  estilo inclasificable e incomprendido. El rastro Chiriboga hallado en un programa de televisión, es una de las evidencias de su existencia, además de su libro más importante La línea imaginaria. Con estos elementos, Izquierdo se embarca en la reconstrucción de los pasos del personaje desaparecido a partir del contexto de su obra y las huellas familiares.

A través de viejas fotografías, imágenes de archivo, entrevistas, testimonios, visitas e investigación, el cineasta no sólo teje la vida y el camino del desaparecido Chiriboga sino que alude a varios episodios de la historia y la idiosincrasia ecuatoriana, entre los cuales destaca el episodio del conflicto armado entre Ecuador y Perú en 1941, en el que los ecuatorianos cedieron parte de su territorio. Este hecho particular, le otorga al enigmático literato ecuatoriano, una especial manera de concebir las fronteras, pues no cree en ellas, ni en las nacionalidades, y así lo expresa en la entrevista televisada cuando, le piden un consejo para los escritores jóvenes ecuatorianos: “Escriban como si no tuvieran un país” les dice el escritor.

El misterioso escritor desaparecido de Un secreto en la caja -de la mano del tratamiento narrativo y estético de Javier Izquierdo- plantea la cuestión sobre la línea difusa entre realidad y ficción, y nos invita a cuestionarnos cómo fue posible el olvido de este autor irreverente y crítico, quien les recuerda a los ecuatorianos, y por extensión a los latinoamericanos, algunas verdades de su identidad, sus complejos y su indiferencia.