Nació el 1 de diciembre de 1933 en Bogotá. Realizó sus estudios secundarios en el Colegio María Auxiliadora y, en 1951, viajó a España con la intención de estudiar filosofía. Sin embargo, en medio de la dictadura franquista, abandona estos estudios al encontrar en ellos una fuerte carga ideológica. Poco después se aproxima a la sociología y, más adelante, inicia un recorrido académico que marcaría para siempre su visión del mundo.

En 1957 viaja por primera vez a París, donde descubre el cine como una herramienta poderosa para comprender y transformar la realidad. En Francia entra en contacto con los círculos obreros que atendían a los trabajadores españoles exiliados, experiencia que profundiza su sensibilidad social. Un año más tarde regresa a Colombia e ingresa a la recién creada Facultad de Sociología de la Universidad Nacional, donde trabaja junto al sacerdote Camilo Torres en investigaciones de campo en Tunjuelito, una zona marginal del sur de Bogotá. Este contacto directo con desigualdades extremas la impulsa a estudiar antropología.

En 1961 vuelve a París para formarse en cine y etnología. Allí estudia con el influyente documentalista Jean Rouch, de quien recibe las bases del Cinéma Vérité: un cine que observa, acompaña y participa sin violentar la vida de las personas. En 1965 regresa a Colombia, decidida a aplicar este lenguaje cinematográfico a las realidades sociales del país. En los barrios marginales de Bogotá inicia el rodaje de su primer documental, Chircales (1967–1972), realizado junto al fotógrafo Jorge Silva. La película, que retrata la explotación laboral de una familia de fabricantes de ladrillos, se convertiría en un clásico del cine latinoamericano, premiado internacionalmente en festivales como Leipzig, Oberhausen, Tampere, Cartagena y México, y adquirido por televisiones europeas.

En 1972, Rodríguez y Silva documentan la violencia contra los pueblos indígenas en Planas: testimonio de un etnocidio, obra que denuncia las masacres cometidas contra los guahibos. Este documental recibe importantes reconocimientos, entre ellos la Paloma de Oro en Leipzig, premio compartido con la nueva versión finalizada de Chircales. A lo largo de las décadas siguientes, Rodríguez realiza películas fundamentales para la memoria histórica y social del país: Campesinos (1976), La voz de los sobrevivientes (1980), Nuestra voz de tierra, memoria y futuro (1982), Nacer de nuevo (1987) y Amor, mujeres y flores (1989), estos dos últimos concluidos tras la muerte de Jorge Silva en 1987.

Su trabajo ha dado forma a un lenguaje documental único, centrado en las luchas populares, la dignidad de los oprimidos y la resistencia cultural. Además de ser pionera del cine documental en Colombia y América Latina, Marta Rodríguez es una figura clave en el desarrollo del cine indígena. Ha impulsado talleres, procesos de creación colectiva y transferencias de medios, apoyados por organismos como la UNESCO, que dieron origen a proyectos como A nuevas tecnologías, nuevas identidades. Su vínculo con comunidades indígenas, campesinas y afrocolombianas se profundiza en obras como Memoria viva (1992), Amapola, la flor maldita (1998), Los hijos del trueno (1999), La hoja sagrada (2002), Nunca más (2001), Una casa sola se vence (2004) y Soraya, amor no es olvido (2006).

Su más reciente proyecto, Testigos de un etnocidio / Memorias de resistencia, revisita más de cuatro décadas de violaciones de derechos humanos contra los pueblos indígenas en Colombia, reafirmando su compromiso con un cine de denuncia y memoria.

A lo largo de sus casi seis décadas de trayectoria, las películas de Marta Rodríguez han sido exhibidas y premiadas en festivales de América, Europa y Asia —entre ellos Berlinale, Cannes, Leipzig, Tampere y Cartagena—, y su obra ha sido objeto de retrospectivas en París, Barcelona y Leipzig. Reconocida como la documentalista colombiana y latinoamericana más influyente de su generación, su legado es hoy una referencia indispensable para entender la historia social del país y la potencia ética y estética del cine documental.