Nació en Sevilla en 1972. De madre española y padre nicaragüense, esta realizadora ha pasado su vida entre España, Nicaragua y México, países de cuya influencia nutren su trabajo cinematográfico.

Tiene formación en sociología y su carrera fílmica se ha centrado en el cine documental. En 2003 dio a conocer su ópera prima La Pasión de María Elena, que dirigió y produjo con el apoyo del Sundance Documentary Fund.

Financiado por Sundance Documentary Fund, Jan Vrijman Fund, el programa Ibermedia y la Ford Foundation; en enero del 2005 Moncada finalizó el largometraje documental de producción española-mexicana El Inmortal. Este fue exhibido en la Berlinale, San Sebastian, y Sundance entre otros festivales.

Coproducida con La Zanfoña Producciones, La Sirena y el Buzo (2009) fue estrenada en Forum of New Cinema – Berlinale, continuando con un circuito de festivales alrededor del mundo.

Palabras Mágicas (para romper un encantamiento) (2012) fue proyectada en la sección Masters de IDFA, en la sección Zabaltegui del festival de San Sebastián, Pusan Film Festival. Ha ganado diversos premios en festivales internacionales, inauguró la serie The State of Art en el MOMA y fue galardonada como mejor película 2013 por LASA (Latin American Studies Association).

En el 2014 dirigió Los Invisibles, para la serie Heroes Cotidianos de HBO Finalmente producido por Gervasio Iglesias, Mi querida España (2015) es el último trabajo de Mercedes Moncada. El documental se sirve del archivo del periodista Jesús Quintero, treinta años de trabajo y más de cinco mil entrevistas a personajes de la política, espectáculo, deporte o personajes anónimos crean una fábula de España durante el reinado de Juan Carlos I.

En su trayectoria como jurado profesional destacan su participación en uno de los festivales de cine documental más prestigiosos del mundo, el Festival Internacional de Documentales de Ámsterdam, conocido como IDFA por sus siglas en inglés; así como en los Emmy Awards, el Festival Internacional de Cine en Guadalajara, Cinergia, Praga y Amnesty International.

Mercedes Moncada ha sido docente en diversos centros cinematográficos y durante 2013 fue asesora de cultura para el periódico mexicano Reforma.